年1月，瞿介明教授在《Internationaljournalofcancer》杂志发表题名为“Identificationofdrivergenesandsomaticmutationsincell-freeDNAofpatientswithpulmonarylymphangioleiomyomatosis”——淋巴管平滑肌瘤病患者cfDNA中驱动基因和体细胞突变的研究论文。
呼吸与危重症医学科瞿介明教授、周敏教授为论文通讯作者，张利硕士研究生、王铭杰规培住院医师为论文第一作者。
DOI:10./ijc.
淋巴管平滑肌瘤病（LAM）是一种好发于育龄期女性，以弥漫性肺部囊性病变为特点的罕见疾病，LAM可以是散发的、部分患者发病与遗传性疾病结节性硬化症（TSC）相关，两者均与TSC1/2突变相关。鉴于LAM细胞具有转移和增殖特性，WHO认定其为低度恶性肿瘤性疾病。目前在LAM患者研究中，由于组织标本难以获取，除TSC1/2突变以外基因是否参与发病机制的研究甚少。随着二代测序分析技术在肿瘤学研究领域的广泛应用，cfDNA的基因检测为多种肿瘤提供了靶向治疗的依据，然而，对于LAM的研究尚处于空白阶段。本研究对LAM患者外周血、组织和乳糜液进行深度二代测序检测分析，结果阐明LAM患者血cfDNA中除TSC1/2基因改变以外，存在着其他体细胞突变及驱动基因改变，其中RAD50和BRCA2基因表达差异更显著，可能为LAM的诊治提供了有效的分子标志物及治疗靶点。
LAM组和control组的血cfDNA和gDNA突变比较分析
通过对两组的cfDNA和gDNA突变分析，发现LAM组cfDNA中基因突变更频繁，等位基因突变频率在LAM组的cfDNA和gDNA存在着显著差异，Pearson相关性分析提示cfDNA和gDNA的共突变基因具有明显的相关性。结果表明外周血cfDNA可用来检测LAM体细胞突变。
LAM细胞亚克隆结构在不同样本中的比较分析
为进一步明确外周血cfDNA对检测LAM细胞突变敏感性，课题组用PyClone软件分析了配对样本（外周血和组织、外周血和乳糜液及双侧乳糜液）中细胞亚克隆结构片段相关性。结果提示在配对样本中CCF均具有高度的一致性，表明外周血cfDNA具有检测LAM体细胞突变较高的敏感性。
LAM组cfDNA中体细胞共突变基因网络分析
通过过滤分析，课题组从LAM组外周血cfDNA中共检测到40个频繁发生的体细胞突变，并通过Chi-squaredtest筛选出11个关键的驱动基因，其中乳腺癌相关基因BRCA1和BRCA2显示了明显的共突变关系。
GEO数据库中驱动基因表达分析
为进一步明确这些驱动基因的表达情况，课题组从GEO数据库中分析了14例LAM活检组织和7例Control细胞组的基因表达谱。结果显示11个基因的表达存在着不同程度的差异，PCA主成分分析提示这些基因表达在两组之间存在着明显的差异，并且RAD50和BRCA2基因表达差异更显著。肌生成和雌激素反应相关的通路分析也证实了LAM的特征。
外周血cfDNA检测LAM体细胞突变具有较高的敏感性，可能为LAM的诊治提供有效的分子标志物及治疗靶点，同时为进一步深入研究LAM免疫微环境及免疫检查点靶向治疗提供坚实的基础。
Next-generationsequencingofcell-freecirculatingDNA(cfDNA)hasemergedaspromisingtechniqueforidentifyingminimallyinvasivegenomicprofilingoftumorcellsrecently.However,itremainsrelativelyunknowninLAMdisease.Inourstudy,pairedcfDNAandgenomicDNA(gDNA)inbloodsampleswereobtainedfrom23LAMpatientsandsevenhealthycontrolstoexploremutationsprofilesoftargeted70cancer-relatedgenes.Asresults,log2-basedallelefrequenciesofmutationsincfDNAweresignificantlydifferentfromthoseofgDNA.By